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          學術科研

          Pierre Larmande博士和Claire Nedellec博士為我院師生作主題報告

          發布日期:2021-06-18 發表者:陳治國 瀏覽次數:



             (文|歐陽思卓  審核人|李國亮)6月17日下午,來自IRD的研究員Pierre Larmande博士和來自法國國家農業,食品和環境研究所的研究主任Claire Nedellec應我院副教授夏靜波邀約,通過線上平臺騰訊會議分別向我們分享了題為“OryzaGP,a data set for rice gene annotations”和“Annotation of Wheat Traits and Phenotypes”的學術報告,報告由夏靜波副教授主持,相關教師和學生參會。

             

             Pierre Larmande博士首先介紹了OryzaGP是一個水稻物種的基因和蛋白質數據集,以幫助NLP工具處理NER和NEN任務,數據集里包括了從Oryzabase中手動篩選的15k篇與水稻相關的PubMed條目,15k篇對應的摘要以及NER和NEN注釋,這些注釋是通過PubDictionary和HunFLAIR進行處理的,PubDictionary是一個生命科學公共詞典庫,HunFlair是一個覆蓋五種生物醫學實體類型的NER標記器。然后Pierre Larmande博士舉了一些標注的例子為我們進行更進一步的說明。像是‘base pair’的縮寫bp和基因bp會出現誤標的情況,或者是把一些不該被標注成一個基因的其他實體標成了基因,對于這些注釋的誤報率,Pierre Larmande博士提出,True positive可能等于PubAnnotation + HunFLAIR的注釋,或者是測量序列匹配,并提出了一些提高標注效果的方法,如修改Pubdictionary匹配的高級設置后再處理分析,又或者如果在文本中找到完整長度的基因名稱,檢查是否找到了相應的基因符號,還可以設計一些其他的規則,像例子里提到‘bp’被誤標的情況,如果在digit后面發現了‘bp’,可以不要考慮它。報告結束后,夏靜波老師,馮在文老師以及參會學生與Pierre Larmande博士就報告內容進行了熱烈討。


             隨后,Claire Nedellec博士向我們分享了“Annotation of Wheat Traits and Phenotypes”為主題的報告,她首先介紹表型,基因控制著小麥品種的特性(如芒的長度),基因等位基因決定其價值,表型(如無芒),為了將基因與表型聯系起來,引入了“Wheat Marker-Assisted Selection(MAS)”,這些‘markers’ 與基因等位基因密切相關,而且markers比基因更容易實驗檢測,使用markers選擇具有農藝價值的品種,有助于發現其分子機制。Claire Nedellec博士還提到集成知識庫的科學文獻信息提取,目標是對信息進行集中、結構化和標準化,以便更好地訪問重用,從海量的文本中給文本信息一個結構,將它們鏈接到語義共享引用(ontology),使其與其他數據相結合,這一過程可以使用文本挖掘的方法實現。報告的第二部分,Claire Nedellec博士介紹,在文獻中自動識別一些實體(如:genes,markers,phenotypes)以及它們在整篇文獻里的關系,這些關系可以構成一個大的知識模型。但是在標注時,實體規范化是互操作性的一個關鍵問題。Claire Nedellec博士還介紹了WTO的分別在ToMap和Alvis平臺上的相關工作。報告的第三部分,Claire Nedellec博士介紹了一個用于小麥數據資源和生物信息學的工具WheatIS,這個工具為研究界提供獲取遺傳、表型和基因組學資源的單一入口點,推動基于現有數據庫的服務開發,也有權為數據管理、命名、標準和集成定義指導方針,并比較了兩個本體WTO和CO_321。報告結束,夏靜波老師,馮在文老師,參會學生與Claire Nedellec博士和Pierre Larmande博士進行了愉快的交流討論。


             會議結束,師生收獲頗豐。


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