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          學術科研

          焦文標作“植物基因組組裝-從擬南芥到馬鈴薯”學術報告

          發布日期:2021-06-25 發表者:陳治國 瀏覽次數:



             (圖文|辛西  審核人|李國亮)6月24下午4: 30,本學期Happy Hour 第12期報告在逸夫樓C603會議室舉行。我院生物信息系焦文標研究員作了題為“植物基因組組裝-從擬南芥到馬鈴薯”的學術報告,學院多位老師和同學參加了交流會。


             報告會上,焦文標研究員首先就基因組測序和組裝技術的原理和發展作了簡單講解,指出了基因組組裝的主要目標,并分析了植物基因組組裝存在的諸多挑戰。


             焦文標通過四個例子介紹了他在植物基因組組裝中的主要工作。首先,其課題組利用三代測序技術并整合多個組裝方法,得到7個染色體水平的擬南芥基因組序列。然而,目前三代測序錯誤率較高,組裝過程中易產生錯誤的contig序列,焦文標介紹可通過整合多種三代組學技術來糾錯并提升組裝的連續性。


             緊接著,他著重介紹了最近開發的單倍型基因組組裝方法。該方法巧妙地利用花粉單細胞測序,能組裝出雜合二倍體基因組的兩套完整的單倍型序列。最后,焦文標研究員就同源四倍體馬鈴薯的單倍型解析進行詳細介紹,同樣通過長讀長測序和花粉的單細胞測序進行單倍型序列組裝。通過親本特有k-mer對單倍型組裝效果進行評估,表明該方法單倍型組裝準確率可達99.61%,該研究為同源多倍體基因組的單倍型組裝提供了新的思路和方法。


             報告結束,現場師生就基因組組裝的發展方向和難題進行熱烈討論。有同學提出如果既沒有物種親本信息,又沒有單細胞花粉的數據該怎樣進行單倍型組裝,焦文標老師認為可以僅通過PacBio HiFi和Hi-C測序技術相結合來進行單倍型組裝,但該方法還有待進一步開發和測試。會后,焦文標與現場同學進行了更進一步的交流。

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