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          學術科研

          劉融作“系統比較和預測殘基突變對蛋白-DNA與蛋白-RNA綁定親和力的影響”學術報告

          發布日期:2021-07-09 發表者:陳治國 瀏覽次數:


             (文|江瑤  審核人|李國亮)7月8日下午,信息學院“Happy hour”第36期學術交流會在逸夫樓C603會議室舉行。交流會由生物信息系李立教授主持,生物信息系劉融副教授為大家帶來一場題為《系統比較和預測殘基突變對蛋白-DNA與蛋白-RNA綁定親和力的影響》的學術報告,學院多位老師與同學參加了交流會。


             從蛋白質-核酸相互作用的研究背景入手,劉融老師首先介紹了蛋白質-DNA相互作用的兩類識別機制(堿基讀出和形貌讀出),然后介紹了相關理論模型中使用最廣泛的參數-能量特征,以及廣泛使用的兩類能量函數(統計勢能函數和物理勢能函數),最后從多個角度介紹了蛋白質-DNA和蛋白質-RNA這兩類相互作用的異同點,并指出這個領域當前存在的一些關鍵科學問題。


             隨后,劉融老師向大家報告了其課題組近期發表的工作,介紹了其中的創新之處。首先,依據突變殘基的氨基酸類型、幾何位置以及與核酸的結合模式,對兩類蛋白質-核酸復合物的結合自由能變化進行了比較并發現存在明顯差異;其次,對突變前后的結構進行分子動力學模擬,使用 MMGBSA 方法計算復合物整體能量并進行能量分解?;诜纸獾哪芰繕嫿诵碌奶卣?,用于反映復合物中不同區域的能量屬性,其中包括突變殘基與其他殘基間的能量、界面能量和非界面能量、互作界面上不同物理接觸間的能量等;此外,提取了其他結構特征(如溶劑可及性、氫鍵數目等),利用特征選擇獲得了最優結構特征子集。最后,將能量特征模型和結構特征模型的輸出結果進行權重聯合,可更有效地估計殘基突變導致的蛋白-核酸結合自由能變化。


             報告結束,劉融老師和在場師生就蛋白質-核酸相互作用研究這個領域進行深入交流和探討。各位老師和同學對這個研究方向表現出濃厚興趣,認為該研究課題具有重要生物學意義。本次學術交流會在輕松的自由交流環節中結束。


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